Поищите внимательней (Значок программы мог остаться в меню на прежнем месте, а не в самом низу)
На всякий случай, вот как делал я:
1. Собрал пакет из скрипта при помощи ensymble.
2. Открыл собранный пакет на редактирование через SisContents.
3. Там где “Содержимое пакета” нажал “Добавить” –> “Встроить пакет”.
4. Встроил Python_2.0.0.sis, а потом pips.sis (флажок “Установить в случае отсутствия на устройстве” оставляем включенным.)
5. Подписал, сохранил.