PooHДа ты просто настраиваешь что-нибудь в программе через её окно и эти настройки программа сохраняет в такой конфиг, а потом при следующем запуске считывает его, и у тебя сам восстанавливается внешний вид программы. Никуда лазить не надо при этом.
И все равно - нефиг их программе менять, некошерно это.
Пример программы - k3b
k3brc 4569 Conf[Unix] ~/.kde/share/config/k3brc
[Devices]
TSSTcorp CDDVDW SH-S223C=9173,30470
[External Programs]
cdrdao default=/usr/bin/cdrdao
cdrdao last seen newest version=1.2.3
cdrdao user parameters=
cdrecord default=/usr/bin/wodim
cdrecord last seen newest version=1.1.11
...