Ответ на ошибку http://stackoverflow.com/questions/16290484/cx-freeze-error-lost-sys-stdin

Если в кратце, то нельзя использовать консольный ввод для неконсольных приложений.
Если это GUI, то нужно забирать значение из какого-нибудь edit.
Либо компилить exe для работы в консоли , прописав в setup.py как там написали: base='Console' (or base=None, since Console is the default)

alexbadaloff
Наверное надо добавить вручную pyautogui к проекту.Попробуйте в setup.py прописать этот пакет:

Ты вообще красавчик,респект тебе.Не много не так как ты написал нужно было сделать,но главное что у меня заработало.А ты ещё не знаешь случаем как всё это в 1 файл слепить?

В один файл никак. Вроде как можно в zip завернуть, но никогда не пробовал. https://docs.python.org/2/library/zipimport.html

EGRxEVIL
как всё это в 1 файл слепить

py2exe