threads=[]
Parser(Thread):
    def run(self):
        Parse(self.path)

    def Parse(self, path):
        #bla bla bla
        for itm in ftplist:
            if(isdir):
                start_new_parser(new_path)
        threads.remove(self)

    def start_new_parser(path):
        # Если число активных потоков больше, то тупо ждем уменьшения
        while len(threads)>=5:
            time.sleep(5)
        pr=Parser(path)
        threads.append(pr)
        pr.start()
        pr.join()

pr=Parser(path)
pr.start()
pr.join()

threads = Queue.Queue()
item = Queue.Queue()

Parser(Thread):
    def run(self):
        while not item.empty():
            self.Parse()
        #... очередь пуста - поток умирает

    def Parse(self):
        # bla bla bla
        # Читаем следующий путь из очереди
        path = item.get()
        for itm in ftplist:
            if(isdir):
                # Добавляем новы путь в очередь
                item.put(new_path)

max_active_threads = 5
for x in xrange(max_active_threads):
    pr=Parser(x)
    pr.start()
    pr.join()
    threads.put(pr)