Есть библиотека своя в которой реализовано многопоточное скачивание с помощь модуля threading. Вопрос в том, что могу ли я реализовать интерфейс на pyqt для этого модуля или потоки нужно будет реализовывать библиотекой pyqt? Просто хочу для каждой закачки сделать прогресс бар.

Можешь, но передавать информацию из дочерних потоков в основной тебе придётся при помощи сигналов. Поищи по форуму, тут про это много раз писали.