shiza
модальным окном

Скорее всего да.

Нагуглил вариант с перехватыванием focus_out_event и перезадаванием активного окна. Это нормально или существует более правильный способ?

я в GTK не спец, но…
это не оно?
http://www.pygtk.org/docs/pygtk/class-gtkdialog.html
см Description, особенно обрати внимание на флаг gtk.DIALOG_MODAL или метод set_modal()

shiza, оно, спасибо. :)
Работает правда не во всех оконных менеджерах, но это не беда.