Опыт программирования на python'е есть., лок. сервер Apache+mod_wsgi под Windows. Фреймворк - bottle. Интересует структура проекта. Имеется папка, скажем site.ru, интересует следующее: какие папки необходимо создать? Куда ложить фреймворк? И куда ложить скрипты своего проекта?

Всё это есть в документации.
http://bottlepy.org/docs/dev/