1. Как создать программу на Python, которая способна развиваться (изменяться, эволюционировать, приспосабливаться) самостоятельно?

Как должна работать программа:
1) Повторяющийся цикл «while» до, например, команды “СТОП!”.
Код программы находится в оперативной памяти компьютера. Программа эволюционирует по заданным алгоритмам или вообще случайно. Алгоритмы итд программа тоже изменяет сама, как ей вздумается.

2) Время от времени лог всех состояний (каждого цикла) сбрасывается на жёсткий диск (можно даже заархивировать). Это просто копия кода программы в каждой итерации.
Не нужно постоянно мусолить жёсткий диск каждый цикл.

2. Можно ли как-то избавиться от этого ограничения в виде циклов на стандартном железе?

3. Можно ли в Python создать контейнер штатными средствами, чтобы SkyNet не поломал мою ОС с информацией на жёстком диске и не уничтожил человечество? Или обязательно придётся изучать дополнительно Docker (а лучше просто полная виртуализация)?

Эволюция программой? Не смеши. Такого пока нет, можно создать нейронную сеть и поднатаскать ее на что-либо, но сама она обучаться не будет, надо использовать разные ресуры с медиа для обучения или просто поставить на цикл, правда будет много итераций, и много времени на это уйдет.

KIRIDU
3. Можно ли в Python создать контейнер штатными средствами, чтобы SkyNet не поломал мою ОС с информацией на жёстком диске и не уничтожил человечество? Или обязательно придётся изучать дополнительно Docker (а лучше просто полная виртуализация)?

Говоря это, вы даете всем знать о своей необразованности в этой сфере. При всем желании у вас не выйдет никакого SkyNet'а.
Могу лишь посоветовать почитать о PyTorch на хбре (именно там, не на их сайте)
Для подробностей зарегайся на irc.freenode.net и зайди на канал #python3, там тебе все объяснят