Постоянно запущено несколько копий скрипта. Нужно прибивать те копии, которые не успели закончить работу в заданный промежуток времени. Как правильно реализовать такое?

А что значит правильно? Обычно сигнальчик им посылают не могли-бы вы завершиться (см Popen,kill в питоне). А лучше сделайте чтобы они сами завершались (time sys.exit()).