Почтенная публика, не бросайте в меня тухлыми помидорами,
но хочется порядка.

Вот в SQLAlchemy-migrate:

1-я миграция N 001, 2-я N 002 и так далее, все по-порядку.
Directory of …\_sqlalchemy_migrate\my_repository\versions

13.09.2016 23:56 730 001_Add_account_table.py
14.09.2016 00:36 702 002_Add_email_column.py

а в Flask-migrate:

это 1-я и 2-я.

Directory of ..\migrations\versions

14.09.2016 20:59 607 7d645eea3f16_.py
14.09.2016 20:54 676 af401b927e92_.py

Ну, а ежели я вовнутрь посмотреть захочу, после 10-ти я уже устану их искать
ну да, по времени можно, но это бремя :-)
Можно ли как-то сделать “нумерацию вагонов” по порядку и с головы поезда :-)
собственно проблема даже просто в том, что я не знаю, как их смотреть по-порядку…

Ну, и, из спортивного интереса, можно ли наоборот сделать в SQLAlchemy-migrate??

Зачем???
Контроль миграций происходит на уровне скрипта и команд. Это как версионность при использовании любой системы контроля версий. Фактически Вы смотрите history и по ней определяете какая миграция за что отвечает. Мало того, когда используется alembic, то Вы при создании миграции пишите комментарий, который ее идентифицирует (добавил такое-то поле, удалил такое-то), поэтому при просмотре истории четко видно что и когда происходило. Лезть внутри миграций нужно только в крайнем случае, когда миграция что-то не подхватывает. Такое бывает, когда используете самописные типы или типы сторонних расширений (sqlalchemy-utils, например).

Вообще по вопросам flask можете писать сюда, но если нужно будет оперативная помощь, то киньте скайп контакты в личку. По свободе могу отвечать.