Подскажите, пожалуйста, как с помощью питона можно максимально скрыть от глаз пользователя окно другой программы(любые идеи
от свертывания, до полного исчезновения)

А у “самой программы” есть такие опции?

“саму программу” можно сделать процесом, а нужно скрыть программу с интерфейсом(может на другой рабочий стол, или как-нибудь чтобы не висела в списке задач)

если для винды то вот код, правда он на делфи и с WinAPI, но надеюсь разбретесь