Не полностью описали Ваш вопрос. У Вас программа работает с GUI или GUI должно быть только при открытии файла? Я предполагаю, что программа выполняется как коммандная строка (как скрипт).
В этом случае, если корневое окно Вам не нужно, то можно так.
import Tkinter
import tkFileDialog as fd
root = Tkinter.Tk().withdraw()
op = fd.askopenfilename()
print op
Надеюсь это оно…
P.S. Вместо
.askopenfilename() можно исопльзовать другие методы..