Вопрос сумбурный, но…
При использовании C-API всё в порядке.
А boost::python компилируется нормально, но при запуске, не может найти функций в своей dll.
Хотя они там есть. Точно есть.
Может какие-то ключи нужны?
да, bjam должен помочь
Насколько я помню что-то вроде:
using python : 2.6 : /usr/bin/python : /usr/include/python2.6 : /usr/lib ;