Игнат
т.е вроде как стартовый скрипт заменяется на start.exe, а весь движок, который подключается импортами - остается на виду
1) Там есть настройки, которые позволяют все *.pyc'и упаковать в library.zip и присобачить в exe-файл.
2) В любом случае, защитить код вам не удастся, посколько это все дело легко распаковывется, вы получаете *.pyc-файлы, которые все равно можно декомпилировать в более-менее читаемый код. Единственное решение - компиляция в native code, для этого вам нужно воспользоваться либо shed-skin, либо cython, которые, хоть и позволяют писать на Python, накладывают свои ограничения, в частности, в том, что касается интроспекции объектов.