Есть скрипт с несколькими потоками, как закрыть приложения и все потоки корректно из консоли?

Вопрос не ясен, завершить процесс: kill , узнать нужный pid можно с помощью ps или top. Потоки умрут вместе с родителем.

Надо закрыть поток так, что бы при закрытии он выполнил какие то действия для сохранение данных например.

В таком случае, вам необходимо дождаться конца работы потока - join()-ить его.
Если вы спрашиваете про общую архитектуру - то процесс должен следить за сигналами os (модуль signal) и если ему
пришел сигнал о завершении заботы (то, что делает kill), то он должен известить всех своих потоков о том, что работа завершена,
дождаться их завершения и только потом прекратить свою работу.

Спасибо, это то что надо в остальном разберусь.