Как можно убить поток малой кровью ?
Есть некий класс, его я запускаю в потоке, этот класс импортирует множество модулей в которых так же есть рабочие циклы, которые выполняются приличное количество времени.
Поэтому делать проверки в циклах и убивать их не вариант, ваши варианты ?

http://asvetlov.blogspot.com/2010/11/1.html
Раздел “Завершение потока.” - там где курсивом.

Работающие нитки убиваются автоматически операционной системой, если процесс завершает работу. Можно грохнуть нитку и насильственно (в си - это endthread), но при этом ресурсы не освобождаются. Так что все зависит от вас. Однако при завершении процесса ресурсы освобождаются всегда (для этого существует ОС), вопрос только в том, будет ли это фатально для вашей программы и ваших данных (точнее, данных пользователя).
Но в нормальной программе, которые выбирает пользователь, нитки завершаются сами. Так что флаг в ваших руках.